Esta iniciativa promueve la realización de proyectos de investigación en estudiantes de básica y media a través de la conformación de clubes de ciencia en los establecimientos y la realización de talleres y pasantías que se desarrollan a lo largo del año, guiadas por un docente y un asesor científico que aporta el programa Explora.
Las actividades que forman parte de Investigación Escolar, incorporan temáticas alineadas al currículo y vinculadas a las ciencias naturales, sociales, artes y humanidades, y tecnología, promoviendo la formación de distintos tipos de clubes, como Clubes de Apoyo a la Investigación Científica Escolar (CAICE), Clubes de Apoyo a la Investigación Tecnológica Escolar (CAITE) y Clubes de Apoyo en Investigación en Ciencias Sociales (CAICSO), entro otros.
La iniciativa busca aportar al desarrollo de la capacidad investigativa innata que tienen niños y niñas para resolver preguntas sobre su entorno y vida cotidiana. Para esto, promueve la realización de proyectos de investigación que nazcan de sus propias inquietudes y logren responder a sus interrogantes a través de un trabajo en conjunto con sus pares y acompañados por docentes y asesores científicos.
Los resultados de las investigaciones son socializados con otros estudiantes de la región en los Congresos Regionales Escolares y los trabajos mejor evaluados asisten al Congreso Nacional Escolar, el cual se realiza en noviembre de cada año en alguna región del país.
